已经认定为高新的企业如发生名称变更或与认定条件相关的重大转变（如分立、合并、重组以及经营业务发生转变等），应在发生之日起3个月内向认定机构报告，在“高新技术企业认定管理工作网上提交《高新技术企业名称变更申请表》，并将打印出的《高新技术企业名称变更申请表》与相关证明资料于认定机构，由认定机构负责审核企业是否仍符合高新技术企业的条件。
如企业仅发生名称上的变更，不涉以及他重大转变，符合高新技术企业认定条件的，由认定机构在本地区公示10个工作日，无异议的，由认定机构重新核发认定证书，编号与有效期不变，并在“高新技术企业认定管理工作网上公告；有异议的或有重大转变的（无论名称变更与否），由认定机构按《认定办法》第十一条进行核实处理，不符合认定条件的，自更名或条件转变年度起取消其高新技术企业资格，并在“高新技术企业认定管理工作网上公告。《认定办法》第十八条中整体迁移是指符合《中华人民共和国公司登记管理条例》第二十九条所述情况。跨认定机构管理区域整体迁移的高新技术企业须向迁入地认定机构提交有效期内的《高新技术企业证书》及迁入地工商等登记管理机关核发的完成迁入的相关证明资料。完成整体迁移的，其高新技术企业资格和《高新技术企业证书》继续有效，编号与有效期不变。由迁入地认定机构给企业出具证明资料，并在“高新技术企业认定管理工作网上公告。
