国家高新技术企业（高新技术企业）证书的有效期仅有3年，每3年都必须重新认定高新技术企业（高新技术企业复审），认定通过后才能重新获得高新技术企业资质；假如由于种种原因未能通过复审，企业将失去高新技术企业资质。
其实未通过复审不仅仅仅有被取消高新技术企业资质这么简单，还有其他的将要面临的后果。
一、未重新认定高新技术企业后果一补缴失效当年全年税款
国家税务总局2017年发布的关于《国家税务总局关于实施高新技术企业所得税优惠政策有关问题的公告》，明确了高新技术企业享受所得税优惠政策的起止时间。
「在获得高新技术企业证书当年1月1日起可享受所得税优惠政策，在高新技术企业证书到期当年未复审通过重新取得的证书的企业，证书失效当年将不再享受所得税优惠政策，应按25%的税率补缴少缴的税款」。
未通过高新技术企业重新认定首先面临的是必须补缴高新技术企业证书失效当年全年的税款，由于证书失效当年不再享受所得税15%税率优惠，。
例如：某企业的高新技术企业证书今年8月15日到期，在今年可按照15%的税率预缴企业企业所得税税款；若今年底未能通过高新技术企业重新认定的话，将在2021年汇算清缴时按25%的税率补缴今年全年少缴的企业所得税税款。
二、未重新认定高新技术企业后果二不能申请企业研发资助款项
根据深圳市今年企业研究开发资助申请指南的申报条件，申报研发资助的企业需为国家高新技术企业、深圳市高新技术企业或规模以上工业企业和服务业。
除了深圳市级的研发资助必须高新技术企业资质外，宝安区、龙华区、龙岗区的区级研发资助申报条件也必须企业获得高新技术企业资质才能申请。
综合以上情况，企业假如未能通过高新技术企业重新认定，不仅不能申请深圳市的研发资助，区级研发资助也将与之无缘。
小结：
未通过高新技术企业复审，除了必须补缴税款和不能申请研发资助以外，企业如需再次申请认定高新技术企业，又将支出大量时间及精力准备下1年复审，各项指标都将重新规划。
因此企业必须高度重视高新技术企业重新认定，严格按照高新技术企业认定细则认真准备复审资料，争取一次通过高新技术企业重新认定，避免上述补税、不能申请研发资助等其他问题的产生。
三、高新技术企业未通过重新认定原因
1、知识产权数量、质量不达标
许多企业在首次通过高新技术企业认定后，没有合理安排知识产权申请工作，高新技术企业复审时只能重复使用首次认定的知识产权；在申请知识产权的过程中出现名称雷同，或没有突出核心技术等情况，导致企业在知识产权方面失分。
2、研发立项较少，技术性体现较弱
研发项目数量不多，没有明确的立项规划，且与知识产权无关联性；立项报告过于简单，没有突出研发项目核心技术。
3、财务增长率较低，费用归集不合理等
在高新技术企业复审申报前未提前规划，净资产和销售收入增长率不高，导致得分较低；研发费用记录较模糊，归集、分配不合理，且未能按时上报相关报表数据。
4、研发人员占比较少，流动性大
未能及时把控研发人员占比，科研人员流动性较大，企业的研发绩效考评制度有待完善等。
