目前我市开展了国家级高新技术企业认定和市级高新技术企业备案工作，通过之后享受的优惠政策是不太一样的。
通过国家级高新技术企业认定之后，企业能够享受以下几方面的优惠政策：
一是享受税收优惠政策。国家新税法规定企业所得税的税率为25%，经认定的高新技术企业，自认定年度起减按15%征收企业所得税。对经济特区（厦门岛内）和上海浦东新区内在2008年1月1日（含）之后完成登记申请注册的新设高新技术企业，在经济特区（厦门岛内）和上海浦东新区内取得的所得，自取得第一笔生产经营收入所属纳税年度起，第1年至第2年免征企业所得税，第3年至第5年按照25%的法定税率减半征收企业所得税。
二是获得政府奖励资金。市财政局将对通过国家级高新技术企业认定（含重新认定）的，给予一次性奖励10万元（最终奖励以修订后正式公布的扶持措施为准）。此外我市各区（含火炬高新区、自由贸易试验区）对辖区内新认定的高新技术企业给予10-25万元不等的一次性补助（区级配套扶持措施解释权归各区相关部门）。
三是享受更大力度的研发费用补助。我市所有向税务机关完成上年度研发费用税前加计扣除备案工作的高新技术企业，可申请上年度研发经费补助，按年度可加计扣除研发经费投入的10%给予补助，其中每一年每家补助额度超过250万元的，按250万元予以补助（非高新技术企业补助额度不超过200万元）。
四是享受政策倾斜支持。高新技术企业还可享受骨干员工落户政策、政府采购招投标等倾斜支持。
企业获得高新技术企业资格后，自高新技术企业证书颁发之日所在年度起享受税收优惠，须依据《企业所得税法》以及《实施条例》、《中华人民共和国税收征收管理法》及《中华人民共和国税收征收管理法实施细则》等有关规定，向主管税务机关申请办理减免税手续。高新技术企业资格期满当年内，在通过重新认定前，其企业所得税暂按15%的税率预缴，在年度汇算清缴前未取得高新技术企业资格的，应按规定补缴税款。通过重新认定后仍可按规定享受相关税收优惠政策。
通过市级高新技术企业备案之后，企业能够享受以下几方面的优惠政策：首次备案为市级高新技术企业，市财政给予一次性奖励5万元（最终奖励以修订后正式公布的扶持措施为准），火炬、思明、集美、海沧、同安、自由贸易试验区等区级财政给予一次性奖励10万元，每家企业仅奖励一次（区级配套扶持措施解释权归各区相关部门）；鼓励市级高新技术企业加大研发投入，根据企业上1年度享受研发费用税前加计扣除政策的研发经费数额可申请研发经费补助，每一年每家企业补助额度最高可达到250万元。
同时符合市高备案条件和国高认定条件的企业能够同时申报市高和国高，通过后可同时享受上述优惠政策。
