根据两化融合管理体系实施的4个阶段，明确以下实施的流程及主要工作内容。
第一，启动与准备阶段
启动各项准备工作，开展培训提高认识，为建立体系做准备。
(1)项目启动大会：成立项目组、明确工作职责、制定贯标工作规划、召开项目启动会；
(2)培训组织与实施：进行体系标准培训、专题培训；
(3)调研、评估与诊断：进行企业调研、评估与诊断。
第二，体系文件建设阶段
建立与企业现状及两化融合管理体系要求相匹配的文件化体系。
(1)体系分析与策划：指导方针、目标制定；识别新型能力需求；体系文件架构设计；
(2)文件编写与发布：具体文件编写、文件体系评审修订、文件体系审批发布、文件内部培训、文件体系完善与改进。
第三，实施阶段
通过信息化工业化项目的实施，获取所需的新型能力；验证管理手册、管理规范和作业表单适应性。
(1)体系运行：规划与项目策划、体系运行准备、试运行（项目实施）、监视测量、评估考核；
(2)内审：内审员培训、内部审核策划、内部审核实施、内审整改；
(3)管理评审：管理评审准备、管理评审实施、管理评审整改。
第四，评定阶段
通过审核、评估等方式，最终通过国家相关部门的认定。
(1)评定准备：评定要点培训、认定准备、就绪检查；
(2)正式评定：一阶段评估、二阶段评估、审核发证。
评定时最终必须提交包含多项内容：
①差距分析报告；
②管理体系文件（方针目标、管理手册、程序文件、作业文件、模板表单）；
③能力需求分析报告或两化融合策划报告；
④两化融合发展规划或两化融合策划报告；
⑤实施过程文件（项目可研报告、业务优化方案、技术方案、上线试运行方案，其他过程记录）；
⑥两化融合监测与考核记录；
⑦两化融合水平评估与诊断报告；
⑧内审报告；
⑨管理评审报告；
⑩评定资料（评定申请表、资料清单目录、汇报PPT）。
其他---
第五，贯标实施流程 持续改进阶段
获证后的体系保持，按照体系文件继续贯彻执行、形成并保持相关记录，持续地对体系各过程进行监控和考核，形成内在驱动力，并与市场需求、评定监督等外部因素一起推动体系的持续保持和改进。通过制度优化、执行环节改进、目标提升、全员参与、积沙成塔来固化成果。
