一、研发项目明确
研发项目的明确是企业开展研发费用归集、项目资料整理的基础。根据《高新技术企业认定管理办法》与《高新技术企业认定管理工作指引》（以下简称《工作指引》）的要求，研发开发活动必须要有一定的创新性和先进性。
二、申报高新技术企业研发费用辅助账的建立
《工作指引》也规定企业的研发费用要以单个研发活动为基本单位分别进行测度并加总计算。企业应对包含直接研究开发活动和科技计入的间接研究开发活动所发生的费用进行归集，并填写企业年度研究开发费用结构明细表。企业应按照研发费用结构明细表申报高新技术企业认定专用的研发费用辅助明细账，并提供相关凭证及明细表。
三、申报高新技术企业研发费用的特殊规定
（1）委托外部研究开发费用发生额的80％计入研发费用总额；支付的特许权使用费通常情况下不能作为委托外部研究开发等研发费用；
（2）境外发生的研发费用不超过总额的40%限额；
（3）其他费用不超过总研发费用的20%；
（4）研发费用最终“应当”在费用项下列支，在归集时不应从未结转费用的成本项中挑选；
四、企业在研发费用调整中应注意的问题
1、注意与以前向政府部门申报的资料保持一致
按照原国税函[2009]203号文的要求，申报高新技术企业认定中必须在汇算清缴期间向税务机关报送研究开发费用结构明细表。
在再次认定或者各类检查中，企业必须重点关注与以前申报数据的一致性，避免出现前后分歧的情况。
2、注意研发费用与研发项目、知识产权的关联性
申报高新技术企业认定中各要素之间具有很强的逻辑上的关联性。与知识产权有关的项目，应该在无形资产摊销项下体现。此外，过于庞大的研发项目能够考虑分拆，可是相关费用不能简单的平均分摊，应当有合理的分摊依据。
3、注意跨期研发费用的处理
跨年度的研发项目在核算研发费用时，应密切关注研发费用预算与研发项目验收报告，以合理分摊各年度的研发费用。
