随着营改增政策的贯彻实施，自2016年6月1日起，增值税纳税人必须依据规定的申报期限、申报内容如实办理纳税申报，在纳税期内没有应纳税款或者享受减免税待遇的，均应按照规定办理纳税申报。
在增值税纳税申报过程中，纳税人应该注意8大重点：
一、纳税申报时间具体要求
特殊规定：国家税务总局选定的部分样本企业2016年6月10日完成5月的增值税纳税申报;5月1日新纳入营改增试点范围的纳税人，2016年6月份增值税纳税申报期延长至2016年6月27日;
一般规定：纳税人以1个月或者1个季度为1个纳税期的，自期满之日起15日内纳税申报，最后一日为节假日的，顺延1日，1-15日内有连续三天以上法定休假日的，按休假日天数顺延。
过渡阶段要求：对于实行按季申报的原营业税纳税人，2016年5月申报期内，向主管地税机关申纳税申报款所属期为4月份的营业税;2016年7月申报期内，向主管国税机关申纳税申报款所属期为5、6月份的增值税。
二、纳税申报的网上办理方式
试点纳税人能够选择网上申报、到主管国税部门办税服务厅申报、预约办理申报、错峰申报。国税部门建议您尽量选择网上申报方式进行增值税申报。
上海各地税务机关向纳税人提供网上办税、自助办税、移动办税等多元化办税方式。纳税人可通过官方网站、手机APP、微信、短信等多种渠道，实时了解各办税服务厅的等候状况，合理选择办税服务厅进行办税。地区设置了便捷的网上申报软件，只要办理了“市法人一证通”，直接在互联网上下载并安装“便捷国税办税软件”或“网上纳税申报系统2.0”，即可足不出户办理纳税申报手续。深圳地区通过“互联网+税务”电子办税等、自助办税设备等便利纳税人办税，纳税服务持续升级。
三、纳税申报手续的具体方法
1、进项税额的确认
发票认证是指对增值税专用发票抵扣联进行网上认证。企业须自行扫描或人工录入抵扣联票面信息，生成电子数据，通过网络报送税务机关，由税务机关完成认证。在规定时间内进行确认操作，一旦确认成功则视为当月最终抵扣结果
将确认抵扣的进项发票，填报在附表(二)第2栏“其中：本期认证相符且本期申报抵扣”，包含以稽核比对相符必须本期抵扣的海关进口增值税专用缴款书等。已确认的发票应在申报期内申报抵扣，逾期的进项税额不予抵扣。
2、开具发票的抄纳税申报
每月1日无论您有没有领取或开具增值税发票，都要登录开票软件，在连接互联网状态下，系统自动“上报汇总”，向税务机关上传上月开票数据否则系统将锁死。将影响领取和开具发票，2日将已抄报的开票数据、其它开票收入以及未开票收入，填入附表(一)。
3、纳税申报表的填报
每月2日按照先填报附表后再填主表的顺序填报申报表，主表中大部分栏目栏次数据可由已填写完的附表直接导入，无导入数据的栏次必须手工填写。
4、系统清零解锁
申报成功后，在征期内您必须对税控设备进行清零解锁操作否则征期后将无法开票，且不能通过网络在线清卡。
四、纳税申报表的填报要求
《国家税务总局公告2016年第13号》增值税一般纳税人纳税申报表包含一张主表及八张附表，一般情况下必须填报的为主表和附表(一)、(二);选择差额纳税的纳税人必须填报的附表(三);有税额抵减、抵扣和减免税优惠的纳税人必须填报(四)(五)以及他。
自6月1日起，新增了一张《营改增税负分析测算明细表》，这张表细分了纳税人的收入构成，必须纳税人模拟填报营业税应纳税款。每一户新增的试点一般纳税人都要将其作为增值税申报表的附表在申报时一同报送。
增值税小规模纳税人必须填报小规模纳税人适用的主表，差额纳税的小规模纳税人必须填报附列资料，有减免税的必须填报《增值税减免税申报明细表》。
网上申报在提交申报以前，能够进行修改和删除申报表，提交后不支持在线更正和重复提交，只能申请撤销申报重新上传或到国税办税服务厅进行修改。
五、劳务派遣费用及高速公路通行费的抵扣申报
选择差额纳税的纳税人，向用工单位收取用于支付给劳务派遣员工薪水、福利和为其办理社会保险及住房公积金的费用，不得开具增值税专用发票，付款方不得进行进项抵扣。
2016年5月1日至7月31日，一般纳税人支付的道路、桥、闸通行费，暂凭取得的通行费发票(不含财政票据，下同)上标明的收费金额按照下列公式计算可抵扣的进项税额：高速公路通行费可抵扣进项税额=高速公路通行费发票上标明的金额÷(1+3%)×3%;一级公路、二级公路、桥、闸通行费可抵扣进项税额=一级公路、二级公路、桥、闸通行费发票上标明的金额÷(1+5%)×5%。
六、已申报营业税补开增值税发票的申报
5月1日前已预缴营业税未开票的纳税人，5月1日至2016年12月31日前可开零税率的增值税普通发票。以前地税已缴纳税款的收入，在国税补开票后不需申报，申报时通过比对异常进行审核确认，不在附表(一)中填报。
七、电子缴税手续的办理方法
只要纳税人签署了银行、税务局、企业三方之间的《实时缴款协议书》，并在开户银行的纳税账户上存足当期应纳税款，完成纳税申报手续后点击同意银行扣款操作，即可通过银税库联网缴款。
八、发票认证和取得发票的使用期限
2016年5月1日新纳入营改增试点的增值税一般纳税人，2016年5月至7月期间不需进行增值税发票认证，2016年8月起按照纳税信用级别分别适用发票认证的有关规定。
试点纳税人领用的除印有本单位名称以外的地税发票可使用至2016年6月30日，结存的发票应于2016年7月31日前到地税部门办理发票验、缴销手续。领用的印有本单位名称的地税发票可使用至2016年8月31日，结存的发票应于2016年9月30日前到地税部门办理发票验、缴销手续。
门票、过路(过桥)费发票属于予以保留的票种，自2016年5月1日起，由国税机关监制管理。原地税机关监制的上述两类发票，能够延用至2016年6月30日。