股权转让是股东行使股权经常而普遍的行为，和转让其他财产一样，假如股权转让收入与被转让股权的取得成本之间存在正差额，就应该对这部分收益征收所得税，差额如为负数，则为股权转让损失，能够在当期扣除。
按照《关于贯彻落实企业所得税法若干税收问题的通知》(国税函[2010]79号，下称79号文件)规定，企业转让股权收入，应于转让协议生效、且完成股权变更手续时，确认收入的实现。笔者认为，现行税法对股权转让所得确认的相关规定有待完善。
例如，A公司欲将手中持有的D公司1200万元的股权以1000万元转让给B公司，双方于2009年3月1日签署协议转让D公司股权，并商定在5月1日前B公司将股权转让款1000万元支付给A公司。A公司随后配合D公司修改股东名册并到工商管理部门办理股权变更登记手续，B公司按照合同约定于4月20日将股权款1000万元汇到A公司账户。可是，股权变更手续迟迟未办，直到2010年的3月1日才在工商部门办理完毕。按照税法的规定，A企业股权转让所得为-200万元，并应确认在2010年。
先看对股权转让所得额度确认的规定。我国《公司法》第七十二条规定有限责任公司的股东之间能够相互转让其全部或者部分股权，可是《公司法》及相关法律除了对国有股权的转让价格作了硬性规定(为了防止国有资产流失，国有股权转让的价格则必须不得低于每股的净资产价值)外，对于其他的普通股权转让价格尚未作明确的规定。实务中，对于普通股权转让的价格明确有四种方式：第一种方式，股权转让价款由转让方与受让方协商明确，可称为“协商价法”;第二种方式，股权转让价款按公司工商申请注册登记的出资额明确，可称为“出资额法”;第三种方法，股权转让价款按公司的净资产额明确，可称为“净资产法”;第四种方式，股权转让价款按照公司资产审计评估后的价格明确，可称为“评估价法”。上例中A公司与B工商企业转让股权是通过协商明确，转让价格明显低于投资价格。但按规定，仅有当双方为关联企业时，税务机关才能够适用《企业所得税法》中的特别纳税调整条款。而非关联企业时，目前尚无具体法规对该项业务进行规范。
再看对股权转让纳税义务发生时间的确认。根据《合同法》第四十四条规定，股权转让合同自成立时生效。但股权转让合同的生效并不等同于股权转让生效。《物权法》第二十三条规定，动产物权的设立和转让，自交付时发生效力，但法律另有规定的除外。实践中，股权转让协议往往是附生效条件的合同，双方当事人签章后合同成立，但尚未生效，待履行董事会决议、股东会决议，涉及国有资产的还包含国资部门的认可，涉及上市公司的还包含证监会的确认等等，若条件满足，转让协议生效。现有法律并无股权转让合同必须在办理登记手续后才能生效的规定，因此登记不是合同生效的要件。股权转让合同生效后，转让方的主要义务是向受让方移交股权，为防止日后出现股权转让纠纷，股权转让合同一般会对权属变更和权能转移作出明确约定。当事人凭协议和相关文书在办理股权变更登记后，股权转让实现。
国家税务总局为了便于税收征管，在79号文件中明确了股权转让所得纳税义务发生时间是转让股权生效，且完成股权变更手续时。能够这样认为，股权转让所得的实现，税法更看重股权登记，即使股权转让合同已经签订，只要股权变更手续没有变更，企业当年也不确认股权转让所得。《国家税务总局关于广西中金矿业有限责任公司转让股权企业所得税收入确认问题的批复》(国税函[2010]150号)也是按照上述内容进行答复的。
但此规定给了企业1个筹划空间。还以上例为例，假如A公司当年转让价款为1500万元，其他条件不变，则该企业股权所得为300万元并应确认在2010年。假如企业2009年和2010年均盈利，那么该企业能够获取该部分所得形成税款的货币时间价值;而假如企业2009年盈利，2010年生产经营出现亏损，那么该企业能够用此部分所得弥补亏损，获取股权转让所得不缴企业所得税的利益。
通过分析能够发现，在股权转让过程中，一是对非关联企业股权转让价款偏低情况目前尚无调整的法律规定，建议国家税务总局及时出台政策对偏低股权转让价进行纳税特别调整。二是确认股权转让纳税义务发生时间的规定不够严谨，容易造成税款流失，建议借鉴《公司法》和《公司登记管理条例》的相关规定，要求转让股权自协议生效后之日起30日内必须办理股权变更手续，否则自满30日之日起明确股权转让纳税义务发生时间。