欧洲专利的申请程序一般包含向欧洲专利局(EPO)提出申请、检索请求、公布专利申请、实质审查、授权、生效等8个步骤。
(1)提出申请和对专利申请的形式审查
申请人能够英、法、德三种官方语言之一向EPO提出申请。
(2)检索请求及检索报告的公布
在提交申请时必须提出检索请求及缴纳检索费。对于主张外国优先权的申请，大约1年内可收到检索报告。
自2005年7月1日起，EPO出具“扩展的欧洲检索报告”(extendedEuropeansearchreport，EESR)，在报告中附加一份对该申请可专利性的初步意见书。该检索报告可协助申请人预估授权前景，便于其适时作出修改或撤回申请案的决定。
(3)公布专利申请
对于通过《巴黎公约》途径提出的欧洲专利申请，EPO将于自优先权日起18个月内公布专利申请。
对于通过PCT途径提出的欧洲专利申请，假如PCT公开的语言不属于EPO规定的官方语言，则该申请将以所提交的欧洲专利申请的语言公开。假如PCT公开的语言已属于EPO规定的官方语言，则该申请不需重复公开。
(4)提出实质性审查请求
对于通过《巴黎公约》途径提出的欧洲专利申请，申请人应在EPO检索报告公布日起6个月内提出实质审查请求，同时需从EPC缔约国中指定具体成员国，并交纳审查费和指定费。
对于通过PCT途径提出的欧洲专利申请，申请人应在提交欧洲专利申请的同时提出实质审查请求，同时需从EPC缔约国中指定具体成员国，并缴纳审查费和指定费。假如缴纳7份指定费，EPC的全部缔约国都可被指定。但延伸国的指定费需单独交纳。
(5)实质性审查
在提出实质审查请求后进入实审程序，申请人通常在提出实审请求后1-3年内收到EPO的审查意见。对于每一份申请文件，实质审查部门中相关领域的审查员将组成三人审查小组，该小组由第一审查员、第二审查员和组长组成。第一审查员主要负责分析申请文件，撰写审查意见通知书，分析申请人的意见陈述和对申请文件所做的修改，建议授权或决定驳回。第二审查员主要负责检查第一审查员提出的授权或驳回的建议，检验将被授权的最终文本的形式是否正确，同意授权或驳回，或者将申请文件连同本人的意见一并返回给第一审查员。组长的主要职责和工作内容为检查第一审查员做出授权或驳回建议的法律依据和技术方面的理由，对申请文件的最终文本做详细检查，同意授权或驳回，或者将申请文件连同本人意见一并返回给第一审查员。
(6)授权、驳回和异议
经上述审查后，假如至少两名成员认为该申请符合EPC的要求，则该申请可被授权。申请人选择同意授权文本并容许本申请进入授权程序，或对文本或权利要求做一定的修改，同时付授权费并递交权利要求的其他两个语种的翻译译文。此外，需查询是否已经提交优先权证明文件的译文。上述工作完成后，欧洲专利被正式授权并发出授权证书。
假如三人小组考虑驳回该申请，则需告知申请人该申请将被驳回。在答复审查意见时，申请人通常是根据审查员的意见进行辩驳或修改申请文件，也可要求启动口头听审程序，进行面对面的意见陈述。假如审查小组中至少两个成员仍然未被说服，则该申请将被驳回。
授权决定做出后，异议期为自授权公告日起9个月。异议审查小组由三人组成，其中仅有一人是原审查员。在欧洲专利被授权后，除专利权人以外的任何人可提出异议。
在欧洲专利申请程序中，申请人可对受理处、审查部、异议部或法律部所作出的决定提出上诉。除此之外，在欧洲专利的授权公告日起9个月后，由生效国的专利局自行处理无效请求。
(7)生效
一般在收到授权通知后，申请人就必须决定在指定国名单中选择生效国。根据各生效国的规定，通常都必须将专利的全部内容翻译成该国的语言，并提交给该生效国。欧洲专利组织成员国需在授权公告起3个月内完成翻译工作并在各国生效。假如申请人未在期限内提交译文，则丧失在该国的专利权。
(8)维持
完成在不同国家生效的工作后，申请人则拥有不同国家的专利，他们相互独立，每一件都需缴纳年费。
