审查员的实质审查工作是严格依据审查程序，客观、公正、准确、及时进行的。实质审查的基本流程如上图所示。
（一）明确首次审查文本
审查员在进行实质审查前，首先要明确审查文本，首次审查文本包含：（1）申请日提交的原始申请文件；（2）应初审部门要求的补正文件；（3）申请人在提出实质审查请求时，或者在收到专利局发出的发明专利申请进入实质审查阶段通知书之日起的3个月内提交的修改文件（即符合专利法实施细则第五十一条第一款规定时机的主动修改文本）；（4）尽管不符合专利法实施细则第五十一条第一款的规定，可是有利于节约审查程序的修改文件。
（二）阅读文件，理解发明
审查员在开始实质审查后，首先会仔细阅读申请文件，准确理解发明。其重点在于了解发明所要解决的技术问题，理解解决所述技术问题的技术方案，明确该技术方案的全部必要技术特征，特别是其中区别于背景技术的特征，以及了解该技术方案所能带来的技术效果。同时，明确专利申请的主题是否必须进1步检索。假如专利申请的全部主题明显不属于新的技术方案、属于不授予专利权的客体、不具备实用性、说明书和权利要求书未对专利申请的主题作出清楚完整说明以致所属技术领域技术人员不能实现、或明显缺乏单一性以致难以检索等，审查员能够不进行检索，直接发出审查意见通知书。否则必须对专利申请进行检索。
（三）检索
每一件发明专利申请在被授予专利权前都会进行检索。检索是实质审查程序中至关重要的1步，其目的在于找出与申请的主题密切相关的现有技术中的对比文件，或者找出抵触申请文件和防止重复授权的文件，以明确申请的主题是否具备专利法第二十二条第二款和第三款规定的新颖性和创造性，或是否符合专利法第九条第一款的规定。
目前，审查员常用的检索资源为专利检索和服务系统以及国内外科技图书、期刊、索引工具及手册等非专利检索资源。专利检索和服务系统包含13个摘要数据库、8个全文数据库、14个分类表数据库、4个词库数据库和期刊全文数据库。检索过程主要包含：明确检索的技术领域，专利文献可用分类号来标明技术领域；分析权利要求、明确检索要素；建立检索策略；浏览并挑选相关文献；填写检索报告。
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