知识产权行政保护在充分发挥着自身与众不同功效的此外，也遭遇着一系列的难题。
第一，在中国现行标准的知识产权体系管理存有双头稽查现况。在中国对于不太一样的知识产权行为主体各自设置了不太一样的行政主管机构。这种行政机关关键包含國家知识产权局、工商局行政管理质监总局国家商标局、国家版权局、国家文化部等10个党政机关，各自部门管理专利及集成电路芯片布图设计方案权、专利权、版权等诸多知识产权行业。过多的行政主管机构不仅会提升行政管理成本费，且在具体运行层面非常容易出現行政管理高效率低，出現单位中间互相推卸责任、踢皮球，或是相互之间角逐地域管辖的状况。
第二，在中国知识产权行政管理业务量加剧。由于在中国公司的知识产权保护观念的提高及对技术革新、引入消化吸收的资金投入增加，她们对知识产权保护的需求逐渐提高，在其中具体表现在专利权、注册商标申请总数逐渐增加，专利无效和商标争议、质疑申请量提升，规定严厉查处侵权行为盗用需求明显，这种都对行政管理行政机关的行政管理高效率明确提出了高些的规定。再加之在中国知识产权法律的逐步完善，知识产权的保护范畴不断扩大，提升知识产权宣传策划以提升全社会发展知识产权观念的规定，促使行政行政机关的岗位工作职责不断扩大。
第三，知识产权行政保护也具备其本身没法摆脱的缺点。行政个人行为做出的流程化规定较低，例如只规定有基本直接证据证实侵权行为就能够，欠缺彼此的争辩抵抗、公布清晰度不高，将会导致稽查不正确而危害真实权利人的权益。行政管理的成本费昂贵。诸多的行政管理行政机关以及內部的业务经理单位必须资金投入许多的人力资源、物力资源和资金，而知识产权是一项私权，其消费维权成本费应关键由权利人担负，过高的行政保护水准等于用全部经营者的钱来保护某些权利人的个人权益。
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