高新技术企业一直是税收政策扶持的重点，《科技部、财政部、国家税务总局关于修订印发〈高新技术企业认定管理办法〉的通知》（国科发火〔2016〕32号，以下简称32号文件）与《高新技术企业认定管理办法》（国科发火〔2008〕172号，以下简称172号文件）相比，32号文件主要在高新企业认定条件、认定程序、重点支持的高新技术领域等方面发生了转变。
高新企业认定条件转变
在高新企业认定条件方面，32号文件取消了“近3年”的时间限制；取消了“通过5年以上的独占许可方式拥有核心技术知识产权”等。
高新企业认定流程转变
32号文件中高新认定程序发生了转变，纳税人必须关注以下几点。
1.高新技术企业资格认定不再设有复审环节。
2.申请高新技术企业资格认定的企业，提交的申请资料中新增“近1个会计年度高新技术产品（服务）收入专项审计或鉴证报告”以及“近3个会计年度企业所得税年度纳税申报表”。
3.审查认定的公示时间由15个工作日减少至10个工作日，提高了行政效率。
4.进1步明确税收优惠享受的起止时间：
企业获得高新技术企业资格后，自高新技术企业证书颁发之日所在年度起享受税收优惠。
对已认定的高新技术企业，经复核被认定为不符合高新技术企业条件而被取消高新资格的，税务机关将追缴其不符合认定条件年度起已享受的税收优惠。
对于已认定的高新技术企业，因弄虚作假、违法违规、未按规定履行报告义务而被取消高新资格的，税务机关可追缴其自发生上述行为之日所属年度起已享受的高新技术企业税收优惠。另32号文件取消了172号文件中“认定机构在5年内不再受理该企业认定申请”的规定。
5.明确高新技术企业的自主报告义务：
企业获得高新技术企业资格后，应于每一年5月底前在“高新技术企业认定管理工作网”填报上1年度知识产权、科技人员、研发费用、经营收入等年度发展情况报表；
高新技术企业发生更名或与认定条件有关的重大转变（如分立、合并、重组以及经营业务发生转变等）应在3个月内向认定机构报告。172号文件曾规定发生上述情况时，需于15日内向认定机构报告，32号文件报告时限放宽，更有利于纳税人。
新增“未按期报告与认定条件有关重大转变情况，或累计两年未填报年度发展情况报表的，将被取消高新资格。”
6.新增高新技术企业跨认定机构管理区域搬迁时，高新资格的延续问题：
企业于高新资格有效期内完成整体迁移的，资格继续有效。
企业部分搬迁的，由迁入地认定机构重新认定。
企业超过高新资格有效期进行整体迁移，32号文件对相关资格延续问题未予明确，实际操作中，应由迁入地认定机构重新进行高新资格认定。
7.企业存在偷、骗税行为的，不再作为取消高新技术资格的情形之一。
新增支持领域
随着国家经济发展趋势及产业结构调整，32号文件附件《国家重点支持的高新技术领域》较172号文件列举的内容有较多改变，主要是新增了国家重点扶持的新兴行业，例如：“电子信息”板块中新增“云计算与移动互联网软件”、“卫星通信系统技术”等；“新资料”板块中新增“与文化艺术产业相关的新资料”等；“高技术服务”板块中新增了“信息技术服务”、“电子商务与现代物流技术”等等，不再详述。
